Au niveau local, notre Eglise s'inscrit elle-même dans une structure plus large. Localement d’orientation réformée-évangélique, notre communauté appartient à l’Eglise Protestante Unie de Belgique (EPUB), ensemble pluraliste, dont le fonctionnement est qualifié de presbytéro-synodal. Concrètement, cela signifie que les décisions relèvent non seulement de l’assemblée locale, mais aussi du synode, sorte de parlement national pour l’ensemble des communautés. Dans le système presbytéro-synodal, le Consistoire est l’organe exécutif de l’Assemblée locale, et le Conseil synodal est l’organe exécutif de l’Assemblée synodale.
En outre, afin de faciliter les collaborations au niveau régional et de répondre au mieux aux défis locaux, l’EPUB est composée de 6 districts comprenant chacun entre 15 et 20 communautés. Chaque district possède sa propre assemblée composée de trois représentants de chaque communauté et d’un Conseil de district pour la gestion des affaires courantes. L’Eglise protestante de Marcinelle appartient au district Hainaut oriental – Namur – Luxembourg (HoNL).